真新镇。
“所以，到此为止了吗。”夺冠后的小智回到真新镇的家中。入睡前，盯着面前的冠军奖杯，各地区的徽章盒以及无数的大大小小的荣誉与纪念品，怅然若失。“我，还有很多遗憾。”
“皮卡皮…”皮卡丘在一旁看着出神的小智，既高兴又心疼，从与眼前这个17岁的少年相遇开始，经历了无数次战斗，邂逅了诸多可爱的人与宝可梦伙伴，有过的无数欢笑与幸福，心酸与泪水，在彼此的脑海中挥之不去。这一刻的乐谱，画上了一个小小的休止符。
“皮卡丘，我没事，准备睡吧。”小智摸了摸皮卡丘的小脑袋，钻进了被窝，却又失神地望着天花板。“拿到冠军之后，成为宝可梦大师的道路，又该如何走呢…好怀念啊，当年一起走过的旅行，你也是吧，皮卡丘？”“皮卡…”
“还有，瑟蕾娜，卡洛斯的吻别…其实那一刻，我脑子是懵的，我曾一度想追上她，和她再次旅行…在水静市短暂相遇却又再次分别，我实在讨厌和她说再见时的感觉…真是糟透了。”小智顿了顿，“皮卡丘，你说我，是喜欢上了瑟蕾娜吗，可喜欢…又是什么..意思…呼…”小智已然入睡。皮卡丘眯着眼笑着，好像很欣慰的样子。（傻主人，可算开窍了）
关东地区，客船上。
“小智，我来找你了。”船舱里的短发少女望向窗外，精致的面庞表现出明显的兴奋与紧张，
“这些日子，我又成长了许多，成为最强宝可梦表演家的道路，一个人走下去想来也不坏，但随着时间流逝，我越来越发觉，没有你的日子里，少了一个可以一起分享快乐，分担痛苦，共同前进的人，丧失了太多走下去的动力，也少了…那一份每每看向你就会心动的感觉。每当对战获得胜利，我总会下意识地回头，总以为你和皮卡丘还在我身后为我喝彩…总之，这一次，我绝不会再和你互道分别，我所憧憬的少年，小智。”
三天前，神奥地区，帷幕市，饲育馆对战场地。
“辛苦了，电击魔兽。”
一位紫发少年刚刚结束了与亲哥哥的6v6全员战，少年以3穿6的巨大优势战胜了兄长，“当年和神代先生的那一战，神代先生也是用三只完胜了你的所有宝可梦。”
同为紫发的兄长治疗着战斗不能的宝可梦，眼神中充满了对宝可梦的喜爱与疼惜，喃喃道，“我做饲育家久了，战斗技巧生疏了许多…看来这一次去挑战他是比较有把握的呢。”
“神代先生，现在在关东吧？”
“对。关东的遗迹突然发生塌陷，废墟中发现了疑似古代宝可梦和传说宝可梦的踪迹，以及难以破译的文字，知道这个消息后，神代先生立刻把对战金字塔开了过去，全力配合调查…”
“我明天，去关东。”紫发少年突然说道，兄长先是一愣，随即满眼欣慰的望向弟弟，“这么突然吗…不过也好，道馆馆主的工作你好像也不太喜欢的样子，与其在家里闲着，去关东挑战神代先生，顺便旅行一下也不错呢。”紫发少年听后，走回饲育馆。
“对了，去关东的话，真新镇要不要去呢？”紫发少年微微一怔，回身望向面带微笑的大哥，“小智那孩子，对你的影响，恐怕不比包括我在内的任何人少吧。即使夺了冠，我想他也不会满足于现状，肯定会开启新的一段旅程呢。”
“麻烦您照顾我选好的六只宝可梦，我明天吃完早饭就出发。辛苦了，大哥。”紫发少年走进饲育馆的图书室，拿起关东地图，盯着真新镇的图标，久久不语。
关东地区，尼比市，尼比道馆，亦是一对长相极为相似的亲兄弟在对话。
“大哥，又要出发了吗。”弟弟有些不舍。
“是的次郎，刚刚接到神代先生的请求，马上要赶去遗迹现场照顾受伤的宝可梦，那片遗迹目前还在时不时的发生塌陷，真是要命…照顾好道馆和弟弟妹妹们，我走了！”黄褐色皮肤的成熟男子，干脆利落地收拾好应用物品，换上探险装，带上三个精灵球，火速奔向了道馆外，连与弟弟挥手都没来得及。
“大哥放心。”
神奥地区，新世界。
“喔！这就是，新世界的力量吗！”一位苍老的蓝发男人跪在荒凉的大地上，盯着掌心的黑色宝石不停的惊叹着。在腰间，有六个纯黑色的精灵球。
“赤日，我将为你打开新世界与地球间的通道，希望你，不要让我失望。”一个充满怨念的声音在空气中回荡。“唰！”
“这是…不好！”茫茫的宇宙中，阿尔宙斯感知到了危机的存在，可对于这即将到来的东西，阿尔宙斯竟然无法预知它究竟为何物。“咻————轰！”“啊！”宇宙中，一发极强的恶之波动击中了阿尔宙斯，晃了晃身形的阿尔宙斯并没有受到太大的伤害，“这不可能…我怎么会预知不到这次攻击，难道说…刚才的恶之波动并不来自这个宇宙？啊！”这次是一发暗黑的破坏光线，反常的是鬼系石板竟然没起任何作用，强大无比的威力直接让阿尔宙斯坠落于宇宙之间…
“阿尔宙斯，不要，啊！”睡梦中的小智猛然惊醒，沉浸在刚刚梦境中的他显然没有缓过神，丝毫没有发觉浑身已被汗水湿透，喘了几口粗气，又看着身旁熟睡的皮卡丘，小智陷入了沉思，
“这…和所有的梦都不一样，为什么这么真实，这种感觉…啊！那是？”小智猛然间看到窗前，有一个清晰的宝可梦的影子，“那是，达克莱伊！”从床上弹起来扑向窗前再一看，屋外并无任何异常，影子也消失的无影无踪。
“所以刚刚的噩梦…是达克莱伊的绝招吗？可为何是这样一场梦…”
真新镇，小智家门外。
“达克莱伊，确定是他吗。”达克莱伊对着自己的主人点了点头，“小智，这次大危机，只有你能拯救吗…嗯？”达克莱伊摇了摇头，比划了几个手势，“你是说…还需要另外的三个人？”
关东精灵遗迹旁，对战金字塔。
“师傅！有异常！”“怎么了？”“小菘小姐传来的消息，切峰神殿中，雷吉奇卡斯的化身宝石以及三神柱正在高频晃动，神殿附近的宝可梦纷纷躲进了神殿中，全部都是惊慌失措的样子，好像在害怕着什么！”“这…这是怎么回事…”
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